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食材は加熱調理、調理器具は熱湯・消毒で、細菌を「やっつける」

多くの細菌は加熱で死滅させられます。
加熱調理をする際は中心までしっかりと火を通しましょう。目安は「中心部分が75℃以上の状態で1分以上」(二枚貝などノロウイルス汚染の恐れがある食材の場合は85℃以上)とされています。

加熱調理で細菌を死滅させても、その後使う調理器具に細菌が付いては台無しです。
肉・魚などの食材を扱った調理器具は、こちらも熱湯や消毒液をかけるなどして細菌をやっつけておきましょう。